日本国内の山小屋の最高所は、富士山頂、吉田ルート、そして富士宮ルートの頂点、お鉢部分に建つ山小屋で、上位は富士山が独占。3000m以上の空気も薄い雲上に建つ「有人山小屋」は、2025年夏の時点で、ぴったり20軒。北アルプス2軒、南アルプス（有人避難小屋）2軒が食い込んでいます。
3000m以上、空気の薄い雲上の有人山小屋は20軒
実は、日本最高所の山小屋が富士山頂というのは間違いありませんが、吉田ルート・須走ルートの山頂に位置する「富士山頂上 山口屋」なのか、富士宮ルート山頂の「頂上富士館」なのかは、微妙なところ。
富士山の8合目以上は、浅間大社奥社の境内地。
その横に建つのが「頂上富士館」なので、「頂上富士館」では日本最高所の山小屋を自負しています。
富士山の山小屋は北アルプスとは異なり、御来光を眺める人が多いため、朝食は弁当が基本。
個室の導入も進み、それ以外でもカーテンでの仕切りなど、雑魚寝（ざこね）のイメージから脱却しています。
北アルプスの山小屋は、歴史と伝統、山のロマンを感じるものも多く、食事にもかなりのこだわりが。
3000m以上の山小屋は、北穂高小屋と槍ヶ岳山荘の2軒です。
南アルプスの3000m以上の山小屋でランクインするのは、ともに静岡県営の避難小屋。
夏山シーズンのみ委託で管理人が入り、素泊まりでの営業をしていますが、水の確保はなく、水持参となっています。
日本の山小屋「高所ランキング」 TOP20
| 順位 | 山小屋名 | 標高 | 山域 | 備考 |
| 1位 | 富士山頂上 山口屋 | 3715m | 富士山・吉田ルート 須走ルート （山頂） | 収容可能人数は30名 支店の扇屋は売店 |
| 2位 | 頂上富士館 | 3712m | 富士山・富士宮ルート （山頂） | 浅間大社奥宮の隣り |
| 3位 | 胸突山荘 | 3590m | 富士山・富士宮ルート （9合5勺） | 貸切個室（4名）も |
| 4位 | 萬年雪山荘 | 3460m | 富士山・富士宮ルート （9合目） | 山小屋裏手に万年雪が |
| 5位 | 御来光館 | 3450m | 富士山・吉田ルート （8合5勺） | 夕食は定食を選択制 |
| 6位 | 胸突江戸屋 （上江戸屋） | 3400m | 富士山・吉田須走口 合流点 （本8合目） | 個室も用意（50名） |
| 6位 | 本八合目トモエ館 | 3400m | 富士山・吉田須走口 合流点 （本8合目） | 全室個室制を導入 |
| 8位 | 富士山ホテル | 3380m | 富士山・吉田ルート （本8合目） | 別館もある大型施設 |
| 9位 | 八合目江戸屋 （下江戸屋） | 3350m | 富士山・須走ルート （8合目） | 須走ルート上に位置 |
| 10位 | 元祖室 （がんそむろ） | 3250m | 富士山・吉田ルート （8合目） | 2食付きプランのみ |
| 10位 | 池田館 | 3250m | 富士山・富士宮ルート （8合目） | 診療所に隣接 |
| 12位 | 白雲荘 | 3200m | 富士山・吉田ルート （8合目） | 大広間と二段ベッド |
| 13位 | 蓬莱館 （ほうらいかん） | 3150m | 富士山・吉田ルート （8合目） | 個室、2段ベッド |
| 14位 | 太子館 | 3100m | 富士山・吉田ルート （8合目） | 個室的な小部屋用意 |
| 14位 | 北穂高小屋 | 3100m | 北アルプス・北穂高岳 （山頂） | 日本アルプス最高所の宿 |
| 14位 | 静岡県営 赤石岳避難小屋 | 3100m | 南アルプス・赤石岳 （山頂直下） | 素泊まりで10名のみ |
| 17位 | 槍ヶ岳山荘 | 3060m | 北アルプス・槍ヶ岳 （肩） | 大正15年創業の老舗 |
| 17位 | 静岡県営 中岳避難小屋 | 3060m | 南アルプス・荒川中岳 （山頂直下） | 素泊まりで5名のみ |
| 19位 | 山口山荘 | 3010m | 富士山・富士宮ルート （元祖7合目） | 就寝スペースに仕切り |
| 20位 | 東洋館 | 3000m | 富士山・吉田ルート （8合目） | 個室、ドミトリーを用意 |
| 日本最高所の山小屋はどこ!? 山小屋「標高ランキング」 TOP20 | |
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