天武天皇元年（672年）の壬申の乱（じんしんのらん）で、天智天皇の後継・大友皇子を破った大海人皇子（おおあまのおうじ）が近江大津宮から飛鳥に遷して築いたのが飛鳥浄御原宮（あすかのきよみはらのみや）。天武天皇2年（673年）2月、天武天皇として即位し、さらに夫人で天皇を継いだ持統天皇が藤原宮に遷都するまでここが都でした。
石敷広場や大井戸跡が復元されている
大海人皇子は、古代のクーデターとして今も多くの文学や漫画の題材となる壬申の乱の後、しばらくの間は美濃（岐阜県の南部）にとどまり、その後、飛鳥の島宮に、さらに岡本宮（飛鳥岡本宮）に滞在し、岡本宮の東南側に大極殿（だいごくでん＝正殿）を築きました。
天武天皇2年（673年）2月27日に即位し、天皇中心の専制政治を行ないました。
天武天皇10年（681年）2月25日には、律令制定を命ずる詔を発令していますが、これが日本で最初となる体系的な律令法で飛鳥浄御原令（あすかきよみはらりょう）と呼ばれ、教科書などにも掲載されています。
持統天皇8年（694年）に持統天皇が藤原京に都を遷すまで、飛鳥浄御原宮に都が置かれ、古代国家の基本法の制定、八色の姓（やくさのかばね）の制定（真人／まひと、朝臣／あそみ・あそん、宿禰／すくね、忌寸／いみき、道師／みちのし、臣／おみ、連／むらじ、稲置・いなぎの8つの姓の制度）、地方の国境の確定など、日本の将来を決めるような様々な土台が築かれたため天武・持統朝と呼ばれています。
栃木県大田原市に現存する那須国造碑（なすのくにのみやつこのひ）は、持統天皇3年（689年）に那須国の国造に任じられた那須直葦提（なすのあたいいで）の事績を息子の意志麻呂らが顕彰するために、文武天皇4年（700年）に建立されたもので、任命は飛鳥浄御原宮で行なわれています。
『日本書紀』天武天皇元年是歳の条に、「宮室を岡本宮の南に営る。即冬に、遷りて居します。是を飛鳥浄御原宮と謂ふ」と記され、平成16年、奈良県立橿原考古学研究所が飛鳥浄御原宮の「正殿」と判断できる東西8間（23.5m）、南北4間（12.4m）の大型の高床式建物跡を発見しています。
古代には天皇が替わるごとに、あるいは一人の天皇が数回の遷都をするケースもあり、飛鳥京跡では飛鳥板蓋宮（あすかいたぶきのみや）など複数の宮殿遺構が重なっています。
発掘・復元された石敷広場や大井戸跡は、持統天皇の宮殿の礎石です。
ちなみに天武天皇の陵（みささぎ）は、奈良県高市郡明日香村大字野口にある檜隈大内陵（ひのくまのおおうちのみささぎ）に治定され、后でもあった持統天皇も合葬した陵墓となっています（遺跡名は野口王墓古墳）。
| 飛鳥浄御原宮 | |
| 名称 | 飛鳥浄御原宮／あすかのきよみはらのみや |
| 所在地 | 奈良県高市郡明日香村飛鳥 |
| ドライブで | 西名阪自動車道郡山ICから約21km |
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